Développement et intégration des analyses multiomiques

Le déploiement du séquençage du génome en trio short-reads (srGS) permet de découvrir les événements de novo et hérités non couverts par l’exome (régions introniques, UTRs, promoteurs, enhancers et autres séquences régulatrices) et de mieux identifier les variations structurelles ayant un impact sur la régulation de l’expression des gènes ou sur l’épissage de leurs transcrits. Ceci conduit à la nécessité d’approches complémentaires pour leur caractérisation moléculaire et fonctionnelle.

Le groupe OMICS développe des études intégratives et multiomiques personnalisées, incluant des analyses srGS et long-read GS (lrGS), du transcriptome (RNAseq) et de l’épigénome chez des patients atteints de syndromes neurodéveloppementaux rares, pour lesquels le séquençage de l’exome en trio est resté négatif.

De plus, certains événements étant non détectables par le srGS, les technologies NGS de troisième génération (Oxford Nanopore, PacBio) ou les linked-reads (10X Genomics) peuvent être réalisés. Une approche combinant ces nouvelles technologies ainsi que l’utilisation de neurones dérivés de cellules souches pluripotentes induites (iPSCs), obtenus à partir de cellules des patients, pourrait permettre d’identifier et de comprendre la pertinence clinique des nouvelles variations identifiées.

Les approches de l’équipe GAD se positionnent parmi les premières initiatives au niveau national et européen d’exploration intégrative des données multiomiques chez les patients atteints de maladies rares sans cause génétique identifiée malgré un séquençage du génome en trio. Le déploiement de ces technologies à la pointe de l’innovation génétique est réalisé en étroite collaboration avec le CNRGH et le LabEx GENMED. 

Pour en savoir plus: portfolio (en anglais)