PERIGENOMED, de quoi s’agit-il ?

PERIGENOMED (Perinatal Genomics Medicine) est le nom d’un programme de recherche promu par le CHU Dijon Bourgogne dont l’objectif est d’évaluer l’intérêt d’élargir le dépistage néonatal (DNN) par le séquençage du génome. Il concerne plusieurs centaines de malades génétiques rares et graves qu’il s’agirait de détecter avant même l’apparition des premiers symptômes, de manière à proposer aux jeunes patients des traitements ou une prise en charge précoce le plus tôt possible.

Pourquoi maintenant ?

– Les progrès technologiques, en particulier le séquençage génomique, permettent de dépister avec fiabilité un grand nombre de maladies génétiques qui ne l’étaient pas jusqu’à présent, rendant possible l’extension du dépistage néonatal actuellement limité à quelques maladies génétiques. La démocratisation de cette technologie, associée à une baisse significative des coûts, permettent d’envisager son intégration dans un dépistage généralisé.

– D’autre part, la recherche a débouché sur l’élaboration de traitements pour des maladies jusqu’alors sans solution thérapeutique, rendant ainsi pertinente la mise en œuvre de leur dépistage. Les traitements désormais possibles pour la mucoviscidose (systématiquement dépistée en France) ou l’amyotrophie spinale infantile (non dépistée en France) en sont la preuve. Pour autant, cette extension du DNN nécessite une phase de recherche permettant notamment de mener des réflexions sur l’acceptabilité de ce dépistage et sur les enjeux éthiques qu’il sous-tend.

– Enfin, la loi a évolué : la loi du 2 août 2021 relative à la bioéthique, par exemple, autorise l’usage des technologies génomiques dans le DNN à des fins de recherche.

Quels en sont les objectifs ?

Le premier objectif relève de la santé publique : il s’agit de dépister, de diagnostiquer et de traiter des maladies rares, donc d’améliorer la qualité de vie de milliers d’enfants et de parents. L’un des enjeux consiste à limiter le phénomène d’errance médicale, en dépistant au plus tôt les maladies et en orientant d’emblée les familles vers les professionnels spécialisés et les prises en charge adaptées.

Un deuxième objectif consiste à mobiliser les équipes de recherche publiques et les acteurs industriels afin de faire progresser la médecine génomique, d’appuyer l’innovation dans ce domaine et d’élaborer de nouvelles thérapeutiques. PERIGENOMED pourra contribuer ainsi à la constitution d’une véritable filière de médecine génomique, associant hôpitaux, laboratoires publics, industriels pharmaceutiques, start-ups, biotechs et acteurs associatifs.

Enfin, PERIGENOMED s’inscrit dans la volonté des pouvoirs publics de faire de la médecine génomique une priorité. La France accuse un retard en matière de dépistage néonatal, dépistant moins de maladies que la plupart de ses voisins européens : PERIGENOMED est susceptible de repositionner le pays dans le peloton de tête des nations qui dépistent le plus.

Quelles en sont les étapes ?

– Clinics 1 : prévue au deuxième trimestre 2025, la première phase du programme consiste à déployer le séquençage de 800 maladies rares dont 400 sont actuellement « traitables » et 400 « actionnables ». Cette première phase de PERIGENOMED prévoit d’inclure 2 500 nouveau-nés des maternités des CHU Dijon Bourgogne, Besançon, Rennes, Nantes et Angers. Son coût est évalué à 3 millions d’euros, reposant sur le principe d’un partenariat public-privé-associatif, pris en charge par les CHU partenaires, la FHU TRANSLAD, le FHU GenOMedS, l’AFM Téléthon, la société Illumina, et les sociétés Kyowa Kirin, Sanofi, Pfizer, Egetis Therapeutics et Italfarmaco.

– Clinics 2 : la deuxième étape prévoit de transférer la recherche à grande échelle, auprès de 20 000 nouveau-nés dans les maternités de cinq départements de Bourgogne-Franche-Comté. Les conclusions porteront sur l’utilité clinique, l’évaluation médico-économique et l’acceptabilité du dépistage néonatal étendu. Cette phase représente un coût important (12 millions d’euros), pour lequel le CHU Dijon Bourgogne espère le soutien de bpifrance dans le cadre de son appel à projets « Challenge en prévention ».

Qui en sont les acteurs ?

Le CHU Dijon Bourgogne est le porteur de ce programme de recherche, sous la direction de la professeure Laurence Faivre, cheffe du centre de génétique clinique, et de la professeure Christel Thauvin, responsable du laboratoire de génomique médicale. Toutes deux sont coordinatrices de la fédération hospitalo-universitaire (FHU) TRANSLAD (médecine translationnelle dans les anomalies du développement), qui associe, depuis 2013, les CHU Dijon Bourgogne et de Besançon, les universités de Bourgogne et de Franche-Comté ainsi que l’Inserm (Institut national de la santé et de la recherche médicale) dans des programmes visant à faire progresser la recherche en médecine génomique, à faciliter le transfert de la recherche vers le soin mais aussi à diffuser la connaissance sur le sujet auprès des professionnels de santé comme du grand public. TRANSLAD porte la réflexion sur le dépistage néonatal, notamment en matière éthique.

Au sein du CHU Dijon Bourgogne, le projet est également porté par le professeur Frédéric Huet, chef du service pédiatrie et président de la Société française de dépistage néonatal, avec le soutien du professeur Emmanuel Simon, chef du pôle Gynécologie, obstétrique et biologie de la reproduction. Il implique le Centre d’investigation clinique (CIC), en particulier avec la professeure Christine Binquet et l’économiste de la santé Camille Level, auteure, dans le cadre de sa thèse de doctorat, de l’étude SeDeN portant sur l’acceptabilité d’un dépistage néonatal plus complet auprès des professionnels de santé et des couples.

– Cette étude, menée pendant la période 2020-2022, conclut que 81 % des professionnels interrogés sont favorables à l’analyse de gènes responsables d’une maladie traitable et que 88 % des parents acceptent l’idée d’un dépistage étendu.

Pourquoi à Dijon ?

Le programme PERIGENOMED est porté par l’équipe pluridisciplinaire de la FHU TRANSLAD, basée en partie au CHU Dijon Bourgogne, mobilisée au sein d’un consortium international. Il faut rappeler que le CHU est à la pointe sur le sujet de la génomique : dès le début des années 2010, il recrute un scientifique franco-canadien qui, pendant trois ans, implante à Dijon la technologie de séquençage haut débit du génome humain qui fait référence. Cela mènera à l’initiative de la création de la FHU TRANSLAD.

Le CHU Dijon Bourgogne fait partie du consortium ICoNS (International Consortium of Newborn Screening), qui fédère une centaine de membres du monde entier – chercheurs, professionnels de santé, laboratoires, représentants de patients – mobilisés pour accélérer la révolution génomique appliquée au dépistage néonatal.

PERIGENOMED est soutenu par la Société française de dépistage néonatal.

Mais au fait, comment fonctionne le dépistage néonatal ?

Le dépistage néonatal consiste, à partir de quelques gouttes de sang prélevées au talon du nouveau-né, à rechercher des maladies rares et graves, pour la plupart génétiques, afin de mettre en œuvre rapidement les traitements ou les actes de préventions adaptés. Aujourd’hui, le dépistage néonatal en France porte sur 13 maladies génétiques auxquelles s’ajoute la surdité.

Le DNN est proposé, en France, à tous les parents. Le pays accuse un net retard sur de nombreux autres nations européennes : 48 en Italie, 29 au Portugal et en Pologne, 26 aux Pays-Bas, 20 en République tchèque, 26 en Suède comme en Norvège…

PERIGENOMED est le projet de recherche français visant à étendre le DNN à plusieurs centaines de nouvelles maladies. L’objectif est « d’offrir aux nouveau-nés atteints de maladies rares un meilleur départ dans la vie ». Il concerne des maladies qui se déclarent dans l’enfance et pour lesquelles il existe un traitement ou au moins une prise en charge partielle, soit potentiellement environ 800 maladies génétiques rares.